Hola, estamos trabajando con canidae, con el citocromo b. En la gran mayoria de las especies la cantidad de bases es de aproximadamente 380. No nos damos cuenta que criterio usar para saber si esa cantidad es suficiente para el estudio filogenetico (1), o si deberíamos usar un gen cuya cantidad de bases sea mayor (2). Sospechamos que no ya que se trata de un gen mitocondrial entonces no haría falta, pues esa cantidad sería suficiente para estudiar divergencias ya que denotan una diferenciación adecuada para ello (3), pero no estamos seguros, gracias, saludo
Fernando,
1) La cantidad de pares de bases (información) mínima en la secuencia depende de las relaciones filogenéticas que quieras reconstruir, cuanto mas información mejor.
2) El gen del cotocromo b, que se encuentra en el genoma mitocondrial, consta de aprox. 1140pb., es un gen muy utilizado como marcador para reconstrucciones filogeneticas, ergo esta muy representado en el genbank. Creo entonces que harbía que buscar mejor, hay muchos genes completos. Si queres proba agregar en la búsqueda “complete cds” o date una vuelta por el 6to y te enseño una forma muy sencilla de sacar genes de genomas mitocondriales completos.
3) ¿Como te das cuenta que “denotan una diferenciación adecuada para estudiar divergencias”?, eso tendríamos que charlarlo personalmente. (6to piso)
Andrés I.
